Tradycje naszego liceum sięgają wiele wieków wstecz, jesteśmy bowiem spadkobiercami sławnego niegdyś gimnazjum elbląskiego.

Najstarsza wiadomość o szkole pochodzi z 1322 roku - szkoła określana była mianem "schola senatora". Właściwie jednak jej dzieje zaczynają się w 1535 roku, kiedy to zorganizowano nowoczesną szkołę opartą na ideałach humanizmu renesansowego. Otwarcia gimnazjum, które mieściło się w budynku Klasztoru Brygidek dokonano 29 września 1535 roku. Było to pierwsze w Polsce gimnazjum humanistyczne i protestanckie, a jego rektorem został Gnapheus - człowiek wybitny, literat i dramaturg. Szkoła była tak znana, że garnęli się do niej uczniowie z Prus Królewskich, i Książęcych z Korony i Litwy.

Najświetniejszy okres dziejów gimnazjum to czasy rektorów Myliusów. Jan Mylius (Czech z pochodzenia ) był rektorem w latach 1597 - 1629, a przez następne 30 lat stanowisko sprawował jego syn Michał. Obok osiągnięć dydaktycznych ważnym wydarzeniem była budowa nowego gmachu gimnazjum na fundamentach dawnego Klasztoru Brygidek (gmach ten istnieje do dziś przy ul. Wybrzeżnej, obecnie znajduje się tam muzeum miejskie).

Uroczyste otwarcie szkoły nastąpiło 25 września 1599r., a w 1601 r. powstała biblioteka gimnazjalna - systematycznie wzbogacana z funduszu Rady Miejskiej. Także dzięki wsparciu mieszczaństwa powstało w szkole muzeum instrumentów matematycznych oraz map, globusów i obrazów.

W drugiej połowie XVII wieku wskutek wojen szwedzkich następuje upadek miasta, a za nim i gimnazjum. Mimo tego szkoła pozostaje ośrodkiem życia kulturalnego. Należy tu nadmienić, że w latach 1644 - 1645 wykładał w gimnazjum, światowej sławy uczony, Jan Amos Komeński.

W roku 1882 wybudowano nowy gmach dla gimnazjum i jego biblioteki, tzn. właśnie ten, w którym mieści się obecnie jego spadkobierca - II Liceum Ogólnokształcące im. Kazimierza Jagiellończyka.

Szkoła - instytucja powołana do kształcenia i wychowania, nie często staje się dziś autentyczną wspólnotą uczniów i nauczycieli, swoistym środkiem wychowawczym tworzącym swój własny świat, stanowiącym odrębne dla siebie warunki kulturowe, kształtującym własną obyczajowość, żyjącym określoną atmosferą wychowawczą, sprzyjającą samorealizacji jednostki.

Realizujemy zasady szkół twórczych, jesteśmy bowiem zwolennikami dobrej, stale doskonalącej się szkoły państwowej - dostępnej dla każdego ucznia:

• szkoły ambitnej, stawiającej przed swoimi wychowankami wysokie wymagania w zakresie wiedzy wymagania w zakresie wiedzy, kultury osobistej, postawy moralnej
• szkoły przyjaznej, dodającej swym uczniom wiarę we własny siły